L'histoire des clochers comtois dits à "l'impériale" prend naissance à Florence au XIVème siècle et XVème siècle. Ce style ne parviendra en Comté qu'un siècle plus tard à la collégiale de Dôle, alors capitale de la province. Mais la véritable période de construction débute au lendemain de la conquête française, de 1668 à 1674, durant laquelle bon nombre des édifices de culte furent endommagés), et provoque un tel enthousiasme que ce modèle devient le symbole de l'architecture religieuse comtoise.

Le clocher-porche, modèle le plus répandu dans la région, est situé sur la façade ouest de l'église . Il symbolise le seuil entre les deux mondes de la vie terrestre et céleste.

Le dôme à l'impériale , en courbe et contre courbe a 4 faces dont les angles sont marqués par des arêtiers en métal. Il est surmonté d'un globe, d'un piédouche ou d'un lanternon, de la croix et du cop,, éléments avant tout symboliques. Si la structure de base est la même, ces clochers ne sont pas tous identiques : certains sont étirés en hauteur ou au contraire semblent écrasés, d'autres s'arrondissent en demi-sphère… Mais la plus grande diversité réside dans leur couverture.

Autrefois, le fer blanc, production typiquement locale, recouvrait bon nombre de clochers. Mais, il a été peu à peu remplacé par d'autres matériaux. Les églises comtoises se singularisent aussi par l'usage abondant de tuiles vernissées polychromes.

Dans la pure tradition, les motifs les plus courants sont les "chevrons" (Romain, Rougemont, Palais Granvelle à Besançon, Mercey-le-Grand et les "losanges" (Montfaucon, Auxon-Dessus, …) Il en existe d'autres comme les "fleurettes" (Ferrières-des-Bois, Vercel), les "bandes horizontales" (Vellevans) ou "mouchetés" (Byans-sur-Doubs, Pugey, …) ou encore en bois (église Saint-François-Xavier à Besançon, basilique de Gray, …). On découvre aussi des motifs totalement abstraits (Vuillecin, Roulans, ...)

L'harmonie colorée discrète des clochers entre en complicité avec le paysage tout en assurant avec le jeu graphique du piédouche et de la croix, une fonction de signal.

Beaucoup de clochers ont été restaurés depuis leur construction. L'introduction de matériaux modernes et un certain oubli des règles d'architecture religieuse entraînent quelquefois des dissonances qui rompent l'harmonie originelle : couleurs trop contrastées, position de l'horloge sur le dôme même. Aussi, une importante étude de tous ces critères précède généralement une restauration de qualité…ce qui explique la supériorité esthétique de certains clochers !

En 1980 l'architecte Philippe Lamboley avait recensé 257 clochers comtois dans le Doubs, 277 dans la Haute-Saône, 124 dans le Jura et 7 dans le Territoire de Belfort soit un total de 665 ce qui représentait plus du tiers des communes de Franche-Comté. Ce nombre augmente réguièrement par la suite des restaurations et rénovations.